Заповедник находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской федерации.

Охрану территории заповедника и природных сообществ и объектов на ней осуществляет специальная государственная инспекция по охране территории заповедника, называемая также отделом охраны.
Работники отдела охраны являются штатными сотрудниками заповедника.
В состав государственной инспекции по охране территории заповедника входят: директор заповедника, являющийся главным государственным инспектором, его заместители, старшие, участковые и государственные инспектора по охране территории заповедника.

К охране территории и акватории заповедника привлекаются работники правоохранительных органов Алеутского района, личный состав погранзаставы "Никольское" Федеральной пограничной службы ФСБ РФ сотрудники Командорской инспекции рыбоохраны ФГУ "Севвострыбвода", специальной морской инспекции МПР России и общественных природоохранных организаций, таких как, например WWF.
Работа вышеперечисленных организаций на территории и в акватории заповедника проводятся только совместно с представителями отдела охраны территории и акватории заповедника. Личный состав отдела охраны заповедника насчитывает 12 человек.
Государственные инспектора по охране территории заповедника при осуществлении ими охранных работ на территории заповедника имеют право:

• проверять у лиц, находящихся на территории и в акватории заповедника документы на право пребывания на этих территориях и в акватории, а также разрешения органов внутренних дел на хранение и ношение оружия.
• проверять документы на право осуществления любой деятельности у лиц, находящихся на прилегающей к территории заповедника территории (акватории) охранной зоны.
• составлять протоколы об административных правонарушениях, выносить определение о проведении административного расследования.
• задерживать лиц, нарушивших природоохранное законодательство Российской Федерации на территории и в акватории заповедника.
• беспрепятственно посещать любые предприятия, учреждения, организации и иные объекты, расположенные в границах заповедника, в том числе режимные объекты, для проверки соблюдения требований природоохранного законодательства, производить осмотр принадлежащих юридическим лицам и индивидуальным предпринимателям помещений, территорий и находящихся там вещей и документов.
• производить на территории и в акватории заповедника досмотр вещей и личный досмотр задержанных лиц, остановку и досмотр автомототранспорта, всех видов плавсредств, проверку оружия и других орудий добывания объектов животного и растительного мира, полученной от них продукции, в том числе во время ее транспортировки, в местах складирования и переработки.
• производить арест товаров, плавучих и транспортных средств, и иных вещей, явившихся орудиями совершения или предметами административного правонарушения;
• изымать у нарушителей природоохранного законодательства Российской Федерации продукцию и орудия незаконного природопользования, плавучие и транспортные средства, а также соответствующие документы.
• приостанавливать на территории заповедника любую хозяйственную деятельность, не соответствующую его режиму особой охраны.
• направлять материалы о привлечении лиц, виновных в нарушениях установленного режима заповедника к административной ответственности.
  
  Главному государственному инспектору и его заместителям предоставляются все вышеперечисленные права государственных инспекторов. Кроме того, указанные лица имеют право:
• запрещать хозяйственную и иную деятельность, не соответствующую установленному режиму заповедника.
• рассматривать дела о нарушениях установленного режима или иных правил охраны и использования окружающей природной среды и природных ресурсов на территории и акватории заповедника.
• налагать административные взыскания, предусмотренные действующим законодательством об административных правонарушениях.
• предъявлять иски физическим и юридическим лицам о взыскании в пользу заповедника средств в счет возмещения ущерба, нанесенного природным комплексам и объектам на территории и в акватории в результате нарушений установленного режима или иных правил охраны и использования окружающей природной среды и природных ресурсов.
• передавать дела об административных правонарушениях в области охраны окружающей природной среды и природопользования на рассмотрение судье.
• направлять материалы о нарушениях законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях в правоохранительные органы для привлечения виновных лиц к уголовной ответственности.